儿童医院各专业设置齐全，现有床位450张，设35个临床医疗科室，22个医技科室。由联合国儿童基金会援建的急救中心，对极低体重儿、早产儿、新生儿缺血、缺氧性脑病、新生儿呼吸窘迫综合症、各种呼吸衰竭、儿童危重症的抢救及呼吸机的治疗等急诊急救水平处于全国先进行列。该中心多次荣获“市劳模先进集体”、“全国巾帼文明示范岗”等多项荣誉称号。心外科医护人员赴韩国著名的心血管专业医院——富川世宗病院、汉城大学医学院研修学习，掌握了先进的心血管疾病的诊断、治疗、手术及监护等技术，现已成功地为140余例患儿进行了心外手术，为省内先心病患儿诊疗技术的开展奠定了基础。

　　盐疗中心在全国儿童医院中首家从俄罗斯引进汽溶胶盐技术，治疗哮喘、支气管炎、慢性咽炎、过敏性皮肤病等受到社会各界的广泛关注。省内唯一的儿童康复中心具有国内一流的康复设备，对各种原因所致的运动障碍、语言障碍进行诊断、治疗和评价。特别是对脑瘫患儿通过综合治疗方法得到有效的改善和治疗。青春期门诊也是黑龙江省唯一的一个针对特殊时期孩子所特设的，为性早熟、性功能异常的少男少女排解困惑，为本地青少年生殖内分泌和成长发育等疾病的诊治填补了省内空白。